DynaSpatial空间转录组测序

详细介绍:

DynaSpatial是德运康瑞基于高密度芯片开发的高分辨率空间转录组测序产品,可检测组织不同位置细胞中的基因表达信息,关键基因检出性能提升5倍,在癌症、免疫、神经和发育等领域有着令人期待的应用前景。

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技术原理

DynaSpatial一张捕获芯片对应一个捕获区域,每个捕获区域大小为5×5mm,并密集分布2500个50μm直径的捕获位点,相邻捕获位点的间距50μm,通过每个位点修饰上的barcode序列确定物理坐标位置,利用poly (dT)来捕获组织切片透化出来的mRNA,从而进行建库测序和空间基因表达数据生成。

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产品优势

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数据展示

(1)透化条件优化

不同组织所需透化时间不同,正式实验前需进行透化条件测试。以小鼠嗅球组织分别测试不同透化时长,选择荧光强度高且无弥散的15min作为正式建库实验的透化条件。

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(2)小鼠嗅球空间基因表达

采用德运康瑞自主开发的DynamicST软件,分析小鼠嗅球新鲜样本数据,共检测到659个spots,基因中位值可达7769,有效Reads比例达到92.07%。

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(3)小鼠嗅球特征基因和聚类结果

将基因表达信息与组织切片的位置信息相结合,直观展示细胞类型在组织切片上的空间分布以及差异基因的空间分布。

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(4)基因检出性能优异

同样测序深度下比较基因总数和基因中位值,DynaSpatial平台基因检出率更高,约10%左右,这对于低表达丰度基因检测会有更大的助益,例如在嗅觉感知相关的受体基因的检出数量上,DynaSpatial平台的检出数量是国外平台的5倍。

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应用方向

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订购信息

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