2022年，空间组学技术被Nature期刊评为最值得关注的7大技术之一，新型RNA原位测序作为空间组学技术之一，在完整组织切片上以亚细胞分辨率定量单细胞内的高度多重RNA表达水平，具有亚细胞空间分辨率、基因检出灵敏度高和组织全景覆盖等优点，是一种完美结合组织、细胞和分子不同层面信息的前沿技术，在器官发育、神经科学、肿瘤免疫等研究领域有广阔的应用前景。

技术服务流程

（1）样本寄送和质控

1. 按照送样指南准备和寄送样本，包括冷冻组织OCT包埋样本或者切片，石蜡包埋组织样本或者切片（FFPE样本），细胞爬片样本等；

2. 对样本进行质控实验，用两个阳性探针（UBC与PPIB）和一个阴性探针联合质控。

（2）预实验（FFPE样本）

1. 预实验定制探针：选择表达水平高-中-低三种模式的5~6 个基因设计探针并合成；

2. 进行预实验靶基因检测实验确定基因表达水平和空间特征规律是否符合预期；

3. 根据预实验结果选择靶标基因，靶标基因表达水平应该在适宜检测范围。

（3）正式实验

1. 根据预实验结果确定正式实验的靶标基因，并进行探针定制和合成；

2. 进行正式靶标基因的原位测序检测实验；

3. 图像数据分析和交付。

生信分析内容

（1）数据质控

经过数据质控，获得整张组织切片上各个靶标基因检出的有效信号点以及信号点坐标位置，并对靶基因检测信号点进行计数和统计。

（2）靶标基因空间位置分布

展示每个靶标基因在整张组织切片上的表达分布情况，并将多个靶标基因合成在一张图片上展示，用不同颜色和符号进行标识。

（3）细胞边界划分

基于 DAPI 染色的细胞核灰度图，使用 Cellpose 细胞分割方法进行细胞边界界定。

（4）生成细胞矩阵和聚类分析（高级分析）

根据细胞划分的结果，把信号点分配到具体细胞，生成细胞-基因表达矩阵，基于该矩阵进行细胞降维聚类。

（5）细胞类型识别（高级分析）

原位测序的靶标基因包括具体细胞类型的marker genes，可以基于marker genes的表达进行细胞类型的判别和注释。

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