新型RNA原位测序-苏州德运康瑞生物科技有限公司

新型RNA原位测序

详细介绍：

新型RNA原位测序技术可在完整组织切片上定量单细胞内数百种RNA靶标分子的表达水平，具有亚细胞空间分辨率、基因检出灵敏度高和组织全景覆盖等优点。基于此技术，德运康瑞推出新型RNA 原位测序解决方案（SEERNA® ISS），包含InSituVision空间原位自动化样本处理系统，搭配荧光扫描显微镜(第三方)和自主研发的DynamicISS生信软件完成图像信号读取、解码和基础数据分析，分析结果则通过电脑端InSituFocus软件进行可视化查看，实验流程2天内即可完成，为空间组学技术临床应用转化奠定了重要基础。目前已经推出两款肿瘤相关试剂盒（肿瘤微环境Panel、泛癌种Cell Marker Panel），并助力客户发表Cell、Nature Neuroscience等多篇高分文章。

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技术原理

新型RNA原位测序技术依赖于DNA双连接探针和滚环扩增技术，以缺口靶向或条形码靶向为测序策略，以滚环扩增产物为测序媒介进而在组织或细胞原位对RNA实现短片段测序的技术。通过4轮连续测序成像一次性可以检测出数百种靶标mRNA分子。

InSituVision原位自动化系统

德运康瑞自主开发的InSituVision空间原位自动化样本处理系统（简称InSituVision原位自动化系统）可以实现原位测序实验的样本前处理、探针杂交反应、滚环扩增和荧光检测等多项实验流程，搭载第三方荧光扫描显微镜可实现全流程试剂反应和原位实时观测扫描，相比于手工操作，InSituVision原位自动化系统大大提高检测性能和结果稳定性，并且节省大量的人力时间投入。

InSituVision原位自动化系统测试数据

（1）小鼠脑组织41个靶标基因

选择小鼠脑组织作为测试样本，选择了41个靶标基因设计了双连接探针进行检测，在整张脑组织切片上共计检测到12.6万个细胞，通过细胞分割技术可以识别细胞边界，并进行信号点的细胞划分，检出转录本中位值是28个，基因中位值是12个，检出有基因表达信号的细胞占比高达99.9%，通过DynamicISS软件可以生成Summary report, 如下方所示，展示了靶标基因在表达空间分布、每个细胞中转录本和基因数量以及细胞尺寸等指标统计。

（2）乳腺癌组织99个靶标基因

选择乳腺癌组织作为测试样本，选择了99个靶标基因设计了双连接探针进行检测，在整张乳腺癌组织切片上共计检测到15.2万个细胞，通过细胞分割技术可以识别细胞边界，并进行信号点的细胞划分，检出转录本中位值是35个，基因中位值是22个，检出有基因表达信号的细胞占比高达到99.86%，通过DynamicISS软件可以生成Summary report, 如下方所示。