DynaSpatial HD产品解决方案

详细介绍:


德运康瑞DynaSpatial HD产品解决方案实现了空间单细胞分辨率(15µm),并提供3mm x 3mm和6mm x 6mm两种规格的捕获芯片。该方案全面兼容直接捕获法和探针法技术路线,已在小鼠卵巢、脑、胚胎、脊髓以及人肿瘤等多种样本类型中得到验证,广泛适用于不同保存形式的样本类型(FF/FxF/FFPE)和不同物种(包括人类、小鼠以及其他动植物);DynaSpatial HD的高分辨率显著提升了组织微环境的解析能力,使研究人员能够更精确地捕捉细胞定位和空间异质性。

 

DynaSpatial HD捕获芯片

1)     HD芯片 spot 直径 15 um,中心间距30um

2)     捕获区域面积:6mm x 6mm,3mm x 3mm

3)     捕获区域spot数量:36864, 9216

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DynaSpatial HD捕获芯片示意图

 

小鼠胚胎实测数据展示

样本:E14.5天的小鼠胚胎新鲜冰冻样本;

建库方案:采用DynaSpatial探针法建库方案;

测序:Illumina Nova平台测序, 测序量33G;

测试结果:测试结果显示小鼠胚胎组织覆盖21181个有效spots,在68.65%的测序饱和度下,基因中位值1254 genes,加测基因中位值预计会提升到2000以上,数据表现优异。根据基因表达矩阵进行T-SNE聚类分群,spots分成17个不同的clusters,聚类结果能够更加细腻高清地展现了小鼠胚胎组织中各个组织结构和分子表达特征,能够为组织胚胎发育研究提供单细胞分辨率的空间分子图谱。

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小鼠胚胎UMI数量分布和降维聚类结果

 

 

小鼠脑实测数据展示

样本:小鼠脑新鲜冰冻样本(客户样本);

建库方案:采用DynaSpatial探针法建库方案;

测序:Illumina Nova平台测序, 测序量140G;

测试结果:测试结果显示小鼠胚胎组织覆盖35259个有效spots,在83.02%的测序饱和度下,基因中位值2288 genes,捕获基因总数达到17128个,数据表现优异。UMI与组织形态完美吻合,聚类结果基本能够有效区分不同的组织结构区域,从而实现对脑组织结构的空间近单细胞分辨率的解析。

 


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小鼠脑UMI数量分布和降维聚类结果

 

DynaSpatial HD 3mm x 3mm芯片测试

DynaSpatial HD 3mm x 3mm尺寸芯片适合小鼠卵巢、脊髓等小尺寸组织类型以及组织局部如肿瘤边界区域的空间转录组研究,在满足高分辨率的研究需求下具有更高的性价比,同样可以选择直接捕获法或探针法两种技术路线,目前已经测试的结果表明基因检出中位值基本在1200~3000范围,与组织类型、保存时间和RNA质量有关。

 

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DynaSpatial直接捕获法测试HD 3mm芯片